Η ίδρυση της Πατριαρχικής Αστικής Σχολής Μαρασλή δεν μπορεί να προσδιοριστεί χρονικά. Πιθανώς να θεωρείται μετεξέλιξη του κοινού σχολείου που άρχισε να λειτουργεί στο Φανάρι στην πρώτη περίοδο μετά την Άλωση. Αρχικά λειτουργούσε ως προκαταρκτική σχολή και παράρτημα της Πατριαρχικής Ακαδημίας με κοινή διεύθυνση και εφορία. Πρόεδρος της εφορίας της ήταν ο Μέγας Πρωτοσύγκελος. Το 1873 χειραφετείται από τη Μεγάλη του Γένους Σχολή και από το 1882 γίνεται πλήρης επτατάξια αστική σχολή. Από το 1903 και μετά αρχίζει να αντιμετωπίζει οικονομικές δυσχέρειες με αποτέλεσμα, το 1909, να διακόψει τη λειτουργία των τριών ανώτερων τάξεων. Τελικά τα οικονομικά προβλήματα παρακάμπτονται και επαναλειτουργούν οι η 5η και η 6η τάξη. Όταν το 1912 δημιουργούν Σχολές Πρακτικών Γνώσεων πολλές αστικές σχολές της Κωνσταντινούπολης η Πατριαρχική Αστική Σχολή Μαρασλή δεν συστήνει Πρακτική τάξη.